При использовании LDAP для авторизации пользователей в ownCloud, столкнулись с тем, что дисковая квота, устанавливаемая конкретному пользователю через веб-интерфейс, через некоторое время автоматически сбрасывается в значение по-умолчанию для всех пользователей.
Решение заключается в корректной настройке LDAP-плагина для ownCloud для работы с квотами.
Необходимо зайти в Настройки - Аутентификация пользователей - LDAP - Advanced - Special Attributes и корректно настроить поле Quota Field. А именно, вписать туда атрибут пользователя, который и будет использоваться для хранения значения квоты.
В случае же, если создать атрибут проблематично, можно использовать один из уже существующих, например, один из 20 (двадцати!) неиспользуемых атрибутов с весьма подходящими нам по смыслу названиями: msDS-cloudExtensionAttribute1
.

Изменять квоту впоследствии можно меняя соответствующий атрибут в свойствах пользователя в LDAP. В нашем случае, это AD:
