При создании Glassfish домена средствами asadmin утилиты порты выбираются из свободных, однако если на момент выполнения asadmin create-domain порт и был свободен - это не означает что он будет доступен на момент запуска домена. Для внесения изменений в конфигурацию необходимо отредактировать domain.